Działania niepożądane azytromycyny obserwowane w trakcie badań klinicznych w większości przypadków miały lekkie lub umiarkowane nasilenie oraz ustępowały po odstawieniu leku. U około 0,7% pacjentów otrzymujących lek wielokrotnie konieczne było przerwanie leczenia z powodu działań niepożądanych. W trakcie wielokrotnego przyjmowania azytromycyny najczęstszymi działaniami niepożądanymi były dolegliwości ze strony przewodu pokarmowego, wśród których dominowały biegunki lub luźne stolce, nudności i bóle brzucha. W badaniach klinicznych, które przeprowadzono u dzieci w wieku od 6 miesięcy do 12 lat azytromycynę podawano w dawkach dobowych 5 do 20 mg/kg mc. Działania niepożądane były podobne do obserwowanych u ludzi dorosłych i również dotyczyły głównie przewodu pokarmowego.
Działania niepożądane określono w następujący sposób: bardzo często (≥1/10); często (≥1/100 do < 1/10); niezbyt często (≥1/1 000 do < 1/100); rzadko (≥1/10 000 do < 1/1 000); bardzo rzadko (< 1/10 000), łącznie z pojedynczymi przypadkami.
Zaburzenia serca
Rzadko: kołatanie serca i bóle w klatce piersiowej, zaburzenia rytmu serca, w tym częstoskurcz komorowy torsade de pointes w następstwie wydłużonego odstępu QT.
Zaburzenia krwi i układu chłonnego
Rzadko: trombocytopenia, leukopenia, neutropenia.
Zaburzenia układu immunologicznego
Rzadko: anafilaksja (rzadko prowadząca do zgonu), w tym obrzęk naczynioruchowy.
Zaburzenia żołądka i jelit
Często: bóle brzucha, nudności, wymioty i biegunka rzadko prowadząca do odwodnienia.
Niezbyt często: luźne stolce, wzdęcia brzucha, niestrawność.
Rzadko: zaparcie, rzekomobłoniaste zapalenie okrężnicy, przebarwienie języka, smoliste stolce, zapalenie trzustki.
Zaburzenia metabolizmu i odżywiania
Niezbyt często: jadłowstręt, hiperkaliemia.
Zaburzenia wątroby i dróg żółciowych
Rzadko: zaburzenia czynności wątroby, w tym zapalenie wątroby i żółtaczka cholestatyczna, martwica i niewydolność wątroby, piorunujące zapalenie wątroby, niekiedy kończące się zgonem.
Zaburzenia nerek i dróg moczowych
Rzadko: zapalenie nerek, śródmiąższowe zapalenie nerek i ostra niewydolność nerek.
Zaburzenia układu nerwowego
Niezbyt często: zawroty i bóle głowy, senność, drgawki (obserwowane również podczas stosowania innych makrolidów), zaburzenia smaku i węchu.
Rzadko: parestezje, nadmierna aktywność i pobudliwość nerwowa, zaburzenia równowagi, omdlenia.Zaburzenia skóry i tkanki podskórnej
Niezbyt często: reakcje alergiczne, w tym świąd skóry, pokrzywka, wysypka, nadwrażliwość na światło.
Rzadko: zespół Stevensa-Johnsona, rumień wielopostaciowy, martwica toksyczno-rozpływna naskórka.
Zakażenia i zarażenia pasożytnicze Niezbyt często: zapalenie pochwy. Rzadko: kandydoza.
Zaburzenia psychiczne
Rzadko: agresja i niepokój, nerwowość, pobudzenie.
Zaburzenia mięśniowo-szkieletowe i tkanki łącznej Niezbyt często: bóle stawów.
Zaburzenia naczyniowe
Rzadko: obniżenie ciśnienia tętniczego.
Zaburzenia ogólne i stany w miejscu podania Rzadko: uczucie zmęczenia.