Najczęściej występują działania niepożądane dotyczące układu nerwowego i czynności wątroby. Częstość występowania oraz nasilenie działań niepożądanych zwiększa się wraz z dawką, przy czym działania niepożądane występują częściej u pacjentów w złym stanie ogólnym (np. niedożywionych), z chorobami metabolicznymi (np. cukrzycą), z nadczynnością tarczycy, niewydolnością nerek itp.Większa częstość występowania obserwowana jest u pacjentów tzw. "wolno acetylujących".Poniżej podano działania niepożądane odnotowane dla izoniazydu, podzielone na grupy zgodnie z częstością występowania: bardzo często (> lub = 1/10): zwiększenie aktywności aminotransferaz; często (> lub = 1/100; < 1/10): niedobór pirydoksyny, zaburzenia psychiczne, psychoza, neuropatia obwodowa (z parestezjami), ból głowy, zawroty głowy, nudności,wymioty, niestrawność; niezbyt często (> lub = 1/1 000; < 1/100): żółtaczka, zapalenie wątroby, zmęczenie, osłabienie, gorączka ; rzadko (> lub = 1/10 000; < 1/1 000): jadłowstręt, pelagra, skurcze mięśni, zapalenie nerwu wzrokowego, skórne reakcje alergiczne, pokrzywka, świąd, wyprysk, wysypka, rumień, zmiany pelagryczne ; bardzo rzadko (< 1/10 000): agranulocytoza, niedokrwistość hemolityczna, niedokrwistość syderoblastyczna, niedokrwistość aplastyczna, trombocytopenia, eozynofilia, limfadenopatia, zespół toczniopodobny (zapalenie naczyń), ginekomastia, hiperbilirubinemia, hiperglikemia, kwasica metaboliczna. Niewydolność wątroby objawia się zwiększeniem aktywności aminotransferaz w surowicy, hiperbilirubinemią, rozwojem żółtaczki, rzadko zapaleniem wątroby o różnym nasileniu. Do najczęściej występujących objawów należą: jadłowstręt, nudności, zmęczenie i osłabienie. Umiarkowane zwiększenie aktywności aminotransferaz w surowicy występuje u 10-20% pacjentów przyjmujących izoniazyd. Zwiększenie to występuje najczęściej w 4.-6. miesiącu leczenia, może jednak wystąpić w dowolnym momencie w trakcie leczenia. Jest przemijające i ustępuje bez konieczności przerywania leczenia. Rzadko występuje postępująca niewydolność wątroby wraz z odpowiadającymi objawami, czasami ze skutkiem śmiertelnym. W przypadkach jawnego klinicznie zapalenia wątroby, przebiegającego z takimi objawami, jak nudności, wymioty i zmęczenie, konieczne jest natychmiastowe przerwanie stosowania produktu leczniczego. Częstość występowania działania hepatotoksycznego zwiększa się z wiekiem. Jest ono rzadkie u pacjentów w wieku poniżej 20 lat i wzrasta do 2,3% u pacjentów w wieku powyżej 50 lat.
