Pefloksacyna powoduje podobne działania niepożądane, jak inne chinolony.
Częstości wymienionych niżej działań niepożądanych określono następująco: bardzo często (≥1/10); często (≥ 1/100 do < 1/10); niezbyt często (≥ 1/1000 do < 1/100); rzadko (≥ 1/10 000 do < 1/1000); bardzo rzadko (< 1/10 000); częstość nieznana (nie może być określona na podstawie dostępnych danych).
Zaburzenia żołądka i jelit
Często: lekkie zaburzenia żołądkowo-jelitowe: brak łaknienia, niestrawność, biegunka, nudności, zmiany w odczuwaniu smaku, wymioty
Bardzo rzadko: rzekomobłoniaste zapalenie jelit
Zaburzenia skóry i tkanki podskórnej
Rzadko: reakcje nadwrażliwości na światło słoneczne i promieniowanie ultrafioletowe
Bardzo rzadko: fotoonycholiza (oddzielanie się paznokci od łożyska)
Zaburzenia układu nerwowego
Często: bóle głowy, zawroty głowy
Niezbyt często: niepokój (zwłaszcza ruchowy), nadmierne pobudzenie, depresja, bezsenność, koszmary senne, zaburzenia widzenia
Rzadko: splątanie, omamy, drgawki, napady padaczkowe, psychoza i drżenie
Zaburzenia serca
Częstość nieznana: wydłużenie odstępu QT
Zaburzenia wątroby i dróg żółciowych
Często: przemijające zwiększenie aktywności enzymów wątrobowych, fosfatazy zasadowej i stężenia bilirubiny
Zaburzenia nerek i dróg moczowych
Rzadko: wytrącanie się kryształów w moczu, krwiomocz i śródmiąższowe zapalenie nerek
Zaburzenia krwi i układu chłonnego
Niezbyt często: leukopenia, małopłytkowość, eozynofilia
Zaburzenia mięśniowo-szkieletowe i tkanki łącznej
Często: bóle stawów, artropatia
Bardzo rzadko: zapalenie ścięgien; w bardzo rzadkich przypadkach może wystąpić zerwanie ścięgna Achillesa.
Zaburzenia układu immunologicznego
Częstość nieznana: reakcje alergiczne, obrzęk naczynioruchowy, pokrzywka
Jeśli wystąpią reakcje nadwrażliwości, reakcje psychotyczne lub w razie podejrzenia zapalenia ścięgien, leczenie należy niezwłocznie przerwać.